在完成工程竣工验收和初期运营前安全评估的基础上，经市政府批准，5号线南段将于2024年3月31日中午12时开通初期运营。届时，南京地铁运营里程将由12条线路近460公里增加至13条线路近473公里，车站总数由217座增加至226座。
全长12.9公里设9座车站
5号线南段初期运营线路始于吉印大道站，于吉印大道与苏源大道交叉口处设九龙湖南站，于双龙大道与诚信大道交叉口东侧设诚信大道站，于诚信大道与殷富街交叉口处设前庄站，于科宁路与竹山南路交叉口处设科宁路站，于竹山路与天元东路交叉口处设竹山路站，于竹山路与新亭路交叉口处设新亭路站，于竹山路与上元大街交叉口处设东山站，于土山路与文靖路交叉口南侧设文靖路站。
5号线南段初期运营里程为12.9km，设车站9座。其中换乘站3座，分别在吉印大道站与既有S1号线换乘，在诚信大道站与既有3号线换乘，在竹山路站与既有1号线换乘（出站换乘）。全线均采用地下敷设方式。车辆采用A型车，6辆编组，列车最高运行速度为80km/h。
运营服务时间为 6:00-21:00
为满足5号线南段乘客早、晚高峰通勤需求，同时为5号线南北两段割接测试工作预留充足的夜间施工时间，以早日实现5号线全线开通，5号线南段开通初期运营后，运营服务时间暂定为6:00-21:00。首班车于6:00自吉印大道站、文靖路站两端对发，末班车于21:00自吉印大道站、文靖路站两端对发。开通后，线路采用吉印大道站至文靖路站的单一交路方式运行。
竹山路站临时采取出站换乘
按照相关规定，1号线、5号线竹山路站换乘大厅设置在由南京东方景志置业有限公司开发的裙楼里。受多种因素影响，该裙楼还未开工建设，导致无法实现1号线、5号线竹山路站内换乘。为满足乘客的换乘需求，经多方努力协调，最终在竹山路站临时采用出站换乘方式，后续待南京东方景志置业有限公司开发的裙楼建设完成后，方可实现站内换乘。
乘客从1号线竹山路站2号口出站，步行至5号线竹山路站3号口，距离约为75米。为保障乘客安全，南京地铁在这两个出口之间，沿着慢车道隔离了宽度约为4米且相对独立的换乘通道。
乘客途经竹山路站进行1号线、5号线出站换乘，建议使用一卡通、乘车码方式进出闸机。乘客手持支付宝APP、银联云闪付APP、南京地铁“与宁同行”APP的乘车码扫码乘车，或使用一卡通（实体卡及手机NFC卡皆可，也包括其他城市标有交通联合字样的交通卡）刷卡乘车，在竹山路站出站后30分钟内在另一线路竹山路站进闸，可实现出站换乘连续计费，确保两段行程扣费金额之和与一次扣费的金额保持一致。如出站换乘时间超过30分钟，则第二段行程将按照实际乘坐里程扣费。
值得注意的是：若您使用单程票乘车，在第一段行程出站需要回收，乘客需重新购买第二段行程车票。若您使用62开头的银联闪付卡及手机PAY，因地铁公司无法在银行卡上直接扣费，则不支持连续计费。
为方便乘客在竹山路出站换乘，及时处理各类票务问题，开通初期，竹山路站将在进出闸机、客服中心处增派工作人员，引导持不同票种乘客以正确方式进出闸机，同时车站和列车也将增加导向提示和语音提醒，乘客在竹山路站换乘或针对扣费如有疑问可随时咨询车站工作人员。
